道教的念珠在珠子的个数上亦有其独特的宗教意义，比如《三元流珠经》中，以三百六十五颗珠子代表星宿运转的度数。
再以常见的一百零八颗念珠为例：一百零八代表周天星斗运转之数，也是天罡地煞的总和。
头珠则代表北极，《北斗经》云：“北辰垂象，而众星拱之。”所以在拨转念珠的时候，头珠是不可以越过去的，以北辰不动故也。所以在转到头珠的时候，应当掉转过来往回继续拨，此乃周天循环之意也。头珠之上有一个葫芦状珠，上有三阶，代表三台。
《玉枢经》中所谓：“北宸之上，上有三台……叠为三级，以覆斗魁”是也，三台下有一个中国结，结下缀六颗小珠，代表南斗六星，加上头珠，则为北斗七星。（有的珠子结下缀八颗珠，加头珠则为九星）所以一串念珠，涵盖了道教的宇宙观和诸多天文概念，足见道教义理之精微。
此外，道教念珠还有十二颗、二十四颗、二十八颗、三十二颗、三十六颗、八十一颗等等的区别。
十二颗代表十二雷门，二十四颗代表二十四气，二十八颗代表二十八星宿，三十二颗代表三十二天度人上帝，三十六颗代表天罡生煞之数，八十一颗代表老君八十一化，也代表九九纯阳之气。