多吉扎寺是藏传佛教知名寺院，为六大宁玛派寺院之一。“多吉”乃“金刚”之意，“扎”意为“石山”。寺名由后山上的自然金刚图形而得名，有译为“多吉札寺”。多吉扎寺，全称土登多吉扎寺。
多吉扎寺始建于十六世纪末，由扎西道杰创建。十六世纪晚上期，原十三万户之一的拉堆绛的统治者扎西道杰被辛夏巴·才旦多吉打败，所辖土地也被辛厦巴家族占据。于是他就到处传教，并组织僧团——艾旺教团。后来扎西道杰在拉萨以南的雅鲁藏布江北岸创建了多吉扎寺。
多吉扎寺是藏传佛教的知名寺院，也是六大宁玛派祖庭之一。它始建于公元1126年，当时是为了平息藏区的疾病、饥渴、战乱等灾害，德格首领邀请多达阿查亚（第一位藏族僧人）和大智者格桑尼歇在距今寺3公里处建寺。
然而，到了十六世纪末，寺院建筑遭到了准噶尔部军队的严重破坏，后来在喇嘛强达·扎西度杰的再度兴建下得以重修并兴盛。多吉扎寺以传授北藏系统为主，附带也传授三素尔以来的一些佛教经典。
宁玛派经典中的重要部分是伏藏，多吉扎寺专门弘传北藏系统的密乘经典，并认定仁增钦摩·敦吉登曲坚赞为该寺的第一世活佛。该寺显密佛法并重，宁玛派教法之远传佛语部传承自成一派；
伏藏部中主修北传伏藏，兼修白玛列哲哉、甲相崇、强达·扎西度杰等掘藏师的伏藏，汇集有五十多卷。多吉扎寺保存了许多珍贵的宝物，有莲花生大士所用的金刚杵，还有莲花生大士闭关三个月的山洞等许多圣地。